Hubo participación de la rama sub-23 de Colo-Colo en Tercera División con el nombre de «Colo-Colo Junior» en 1999 y 2000, en donde explotaron jugadores como Sebastián González y Luis Ignacio Quinteros, entre otros. Pese al éxito deportivo, a causa de los saldos económicos pendientes, antecedentes a la quiebra de Colo-Colo, la división sub-23 fue eliminada en el año 2001. Tras regular su situación financiera, el club decidió reponer el equipo B en el año 2007, con el objetivo de darles continuidad a sus futbolistas de proyección con encuentros más exigentes que los del Torneo de Cadetes y por otro lado, buscar en sus contrincantes elementos que pudiesen integrar las divisiones menores del club a fin de integrarlos definitivamente o comercializarlos.
