El último descenso se dio en el año 1999, para esta temporada el equipo quedó penúltimo en la tabla acumulada, teniendo que disputar un partido de repesca con el segundo de la liga de ascenso, en 18 de mayo de 1999 se llevó a cabo un partido jugado en el Estadio Cuscatlán ante CD Santa Clara, el cual perdió 4-1, camisetas de futbol baratas por lo cual fueron relegados a la segunda categoría de fútbol de El Salvador.